O aplicativo pode se conectar a mais de um site Moodle diferente (vários)?

Sim, o app pode ser configurado para exibir um seletor de sites (em diversos formatos) para que o usuário possa escolher a qual site se conectar. Isso é especialmente útil para Universidades com diferentes instalações do Moodle por campus.

Nesse caso, dependendo da quantidade de sites e da solução adotada, as taxas de instalação e manutenção podem variar.